Resposta simples (para novatos do Linux): Pode haver várias causas prováveis para o seu problema. Depende de muitos fatores que você não cobriu. Como você criou as partições do linux, como você instalou o Ubuntu? Do LiveDVD? De LiveUSB? Manual ou automático? O seu PC possui um BIOS ou um UEFI? Sua tabela de partições é um MBR ou GPT? Etc. Eu sei que todas essas perguntas assustam você. Isso fez comigo também, há muito tempo atrás, quando comecei a aprender linux.
Primeiro, o Windows nunca reconhecerá QUALQUER outro sistema operacional. Esse é o jeito da Microsoft. Ou quaisquer outros tipos de partição, exceto os próprios. Windows, bootloader (winboot) nunca reconhecerá qualquer outro bootloader.
Em segundo lugar, o Ubuntu (assim como outros linuxes) sempre reconhecerá outros sistemas operacionais como o Windows e o MacOS. O bootloader do Ubuntu (GRUB ou GRUB2) sempre reconhecerá o winboot.
Todo sistema operacional precisa de um gerenciador de inicialização - um pequeno software que informa ao hardware do PC a identidade do sistema operacional, como ele funciona e como carregá-lo na memória RAM. Um sistema operacional instalado sem um bootloader é inútil, porque nunca será reconhecido pelo hardware.
O que acontece quando instalamos vários sistemas operacionais (cada um com seu próprio gerenciador de inicialização) no mesmo PC? Bem, um bootloader deve dominá-los todos. Um único GRUB é suficiente para vários linuxes. Para um Windows + um PC linux, um winboot deve estar presente e um GRUB também. De preferência em partições diferentes (porque se uma falhar, pelo menos você terá a outra ainda disponível). Mas o GRUB deve ser a régua, porque reconhece qualquer outro bootloader e o winboot não.
Como fazer o GRUB dominar o mundo? Primeiro instale o Windows. Automaticamente. Não apague / mescle quaisquer partições. Em segundo lugar instale o Ubuntu. Durante o processo de instalação do Ubuntu, ele deve reconhecer a instalação do Windows. Escolha instalar o Ubuntu ao longo da opção do Windows. Ao perguntar onde instalar o GRUB, escolha /sda . Isso significa a raiz do seu primeiro disco rígido. Maior prioridade possível! Não escolha qualquer / sda1, / sda2, etc, porque isso significa instalar o GRUB na raiz da partição especificada 1, 2, etc e pode resultar em conflito com o winboot, apagar o winboot ou não substituir o winboot.
Uma última coisa: Embora às vezes seja possível instalar o Ubuntu em partições NTFS ou FAT, isso é aconselhável apenas para usuários avançados e especialistas em linux. Qualquer linux típico (Ubuntu incluído) precisa de PELO MENOS 2 partições: uma partição swap e uma partição ext2 / 3/4. A partição swap está sempre inacessível, atua como memória RAM virtual, a partição ext é onde o seu Ubuntu será instalado. Para uso adequado, o tamanho do SWAP deve ser = (1,5 ... 2) x tamanho da RAM. A partição EXT pode ser de qualquer tamanho, mas não menos que o tamanho mínimo recomendado pelo Ubuntu.
Dica: O equivalente do Gerenciamento de Disco do Windows no Linux é chamado de GParted. E você pode usá-lo antes (como no LiveCD) e depois de instalar o Ubuntu.
Para uma visualização adequada de TODAS as partições no seu disco, SEMPRE use o GParted !! A teve uma surpresa desagradável com o Win8: ele cria automaticamente uma partição de recuperação após a instalação que não é visível no Gerenciamento de Disco, mas é reconhecida pelo GParted!