Da minha experiência, desabilitando a rolagem horizontal corrige o problema da rolagem vertical. Então você pode
synclient HorizEdgeScroll=0 HorizTwoFingerScroll=0
para fazer isso em tempo de execução. Ou, para desativá-lo permanentemente, você pode editar
/etc/X11/xorg.conf.d/10-synaptics.conf
definindo opções "HorizEdgeScroll" e "HorizTwoFingerScroll" para "off" .
A propósito, isso não está relacionado a um aplicativo Java específico, é o mesmo para todos eles (pelo menos eu presumo que sim, vendo o mesmo problema no jEdit, NetBeans e Moneydance). Isso também não é específico do MacBook. Eu tive o mesmo problema no meu laptop Dell XPS L702x com touchpad Synaptics. Versões JDK 1.6 e 1.7, SO: OpenSUSE 12.1 x86_64.