Sim. Toda a E / S nessas máquinas virtuais será redirecionada pelo VMWare para o arquivo que contém o disco da máquina virtual. Se esse arquivo estiver no disco secundário, naturalmente todas as E / S ocorrerão nesse disco.
Observe que isso não significa que a E / S no disco principal não sofrerá nenhum impacto. Algum impacto de E / S é de todo o sistema (por exemplo, tráfego de barramento, tempo de CPU associado, etc.)