Para o Terminal, você pode definir o tamanho padrão em Editar - Preferências de perfil .
Uma resposta geral, porém, é encontrar o arquivo .desktop do programa em /usr/share/applications/ (no seu caso é gnome-terminal.desktop ), copie 1 para ~/.local/share/applications/ 2 e edite a linha " Exec=... " de acordo com suas necessidades. Você pode precisar reiniciar o Unity.
1 Sim, copie. COPY . Não edite apenas o original. O original será substituído em cada atualização desse programa.
2 Se o diretório não existir, crie-o.