Se eu entendi o que você está falando, é o serviço mscorsvw.exe reportando 100% de picos de uso da CPU, durante as pré-compilações .NET, e você quer que ele faça isso apenas enquanto o sistema estiver ocioso.
De WebLog de David Notario "O que é mscorsvw.exe e por que está comendo minha CPU? O que é esse novo serviço de otimização de CLR? ":
mscorsvw.exe is precompiling .NET assemblies in the background. Once it's done, it will go away. Typically, after you install the .NET Redist, it will be done with the high priority assemblies in 5 to 10 minutes and then will wait until your computer is idle to process the low priority assemblies. Once it does that it will shutdown and you won't see mscorsvw.exe. One important thing is that while you may see 100% CPU usage, the compilation happens in a process with low priority, so it tries not to steal the CPU for other stuff you are doing. Once everything is compiled, assemblies will now be able to share pages across different processes and warm start up will be typically much faster, so we're not throwing away your cycles.
Então já deveria fazer isso. Você pode visitar esse link ou fazer algumas pesquisas básicas para mscorsvw.exe, e você deve encontrar as informações necessárias para interromper temporariamente o processo e / ou serviço responsável por ele.