O POP não é sincronizado, mas geralmente todos os e-mails transferidos por download são excluídos do servidor, como você pode ver, por exemplo, neste exemplo . Alguns clientes de email permitem desativar esse comportamento, mas é provável que, por padrão, ele esteja ativado.
O Windows Live Mail excluiu os e-mails do servidor e excluiu as cópias baixadas do Windows Live Mail em sua máquina local.