A maioria das equações em livros profissionais é definida usando (variantes de) TeX , que foi escrito especificamente para autores de livros científicos :
TeX is one popular means by which to typeset complex mathematical formulae; it has been noted as one of the most sophisticated digital typographical systems in the world.3 TeX is popular in academia, especially in mathematics, computer science, economics, engineering, physics, statistics, and quantitative psychology
Escrever literatura científica no MS Word pode deixá-lo frustrado em minutos, pelo menos quando você tem mais do que alguns gráficos e entradas bibliográficas.
A composição da equação é um dos recursos mais conhecidos do TeX, e você pode usar sua sintaxe em quase todos os lugares onde as equações são usadas, também por exemplo em nosso Mathematics.StackExchange site. Sua vantagem é que ele parece bonito em 99% dos casos.
Anéis de benzeno e outras estruturas químicas não são tão fáceis de compor no TeX, já que ele é voltado para a matemática "clássica", e tais fórmulas químicas envolvem um pouco de "brincar" para dizer o mínimo. Não quer dizer que não é possível - eu acho que tudo é possível no TeX dado macacos e máquinas de escrever suficientes.Eu tenho visto muitos livros, pelo menos da minha perspectiva de Ciência da Computação, onde autores comporiam o LaTeX e criavam seus gráficos usando softwares como OmniGraffle , que ajuda a permitir que os itens sejam vinculados e alinhados a uma grade e depois exportados como gráficos vetoriais.
Existem também editores autônomos de equações TeX e, pelo menos para o OS X, softwares como LaTeXit , nos quais você pode inserir uma fórmula e produzir belos trechos em PDF disso.
Para começar, dê uma olhada no site Grupo de Usuários do TeX .