Ok, depois de brincar com isso por algumas horas depois de obter um resultado de busca do Google que eu não tinha visto antes, finalmente percebi isso. Esta é a resposta, no caso de alguém aparecer e precisar fazer algo assim.
#!/bin/bash
for file in *.mkv;
do
oldFile=old_"$file"
mv "$file" "$oldFile"
ffmpeg -i "$oldFile" -map 0:a? -map 0:s? -map 0:v -c:v copy -c:a ac3 -c:s copy "$file"
done