AutoIt seria minha melhor recomendação. Ele tem a capacidade de pesquisar por título de janela ou texto (janelas ocultas e visíveis) e nome de processo (WinExists (), ProcessExists ()) e tem opções para fechar aplicativos por processo ou por janela (WinKill (), WinClose (), ProcessClose ()). Por ser uma linguagem de script, é extremamente configurável filtrar exatamente o que você quer, mas pode ter uma curva de aprendizado mais alta do que outros aplicativos.
Observação: isso não os impedirá de serem executados, mas os matará imediatamente assim que eles tentarem ser executados.
Aqui está um código de exemplo:
Opt("WinTitleMatchMode", 2)
While 1
If ProcessExists("notepad.exe") Then
ProcessClose("notepad.exe")
EndIf
If WinExists("Paint","") = 1 Then
WinClose("Paint","")
EndIf
Sleep(100)
WEnd
Isso fechará qualquer janela com "Paint" no título e no processo notepad.exe assim que eles começarem.