Você não pode necessariamente dizer quando um arquivo está corrompido (ou mal editado, ou ...); a única solução real é que o backup mantenha várias versões, para que você possa ver e, então, encontrar um que esteja certo. Praticamente todas as soluções de backup "reais" fazem isso, incluindo o sistema de backup integrado do OS X, o Time Machine . Se você quiser algo com mais controle (mas mais trabalho para configurar), dê uma olhada em rsnapshot .