Existem basicamente dois tipos de aplicativos do Windows, baseados em console e baseados em janelas. Isso é definido pelo desenvolvedor antes de compilar o código. O CMD.EXE é baseado em console, o NOTEPAD.EXE é baseado em janela. Se um aplicativo baseado em console for iniciado a partir do cmd.exe, ele sempre será aberto na mesma janela, a menos que você faça algo para alterar isso (como o uso do comando START). Se um aplicativo abrir em uma nova janela, ele será baseado na janela ou o próprio programa foi codificado para criar uma nova janela.