Sim, na maior parte.
com varreduras AV, supondo que seu PC não esteja sobrecarregado, não há razão para evitar atividades simples. talvez você queira evitar jogar jogos ou outros usos muito intensos enquanto uma verificação de vírus estiver ocorrendo, mas além do potencial de superaquecer, não há perigo.
A atualização do Windows é mais segura durante a execução de outras tarefas, com a ressalva de que, se um arquivo precisar ser substituído, ele não deve estar aberto para leitura / gravação nesse momento. Atualmente, o Windows é bom para substituir arquivos durante o desligamento e reinicialização, tornando as substituições de arquivos mais seguras. Na pior das hipóteses, você pode receber um erro durante a instalação e tentar novamente mais tarde.