Se você usa apenas um HD de cada vez, isso não importa. Se você tende a copiar de um para o outro muito, então coloque um HD e CD como Master e Slave em uma string. Use a segunda corda para o segundo disco rígido, não importa se mestre ou escravo.
A razão pela qual esta é a melhor configuração é a suposição de que você não está usando muito o CD (instala apenas na maioria dos casos) e dessa forma o HD no cabo HD / CD leva a maior parte do tempo no controlador de disco associado ao cabo. O HD e o CD serão compartilhados, mas o HD normalmente terá 90% ou mais da atividade (para que você obtenha 90% do primeiro HD + 100% no segundo HD). Se você tivesse HD e HD na mesma string, cada um só receberia 50% da taxa de transferência, já que eles teriam que compartilhar o cabo e o controlador.