Eu duvido que você tenha começado a limpeza em 10.6, já que o padrão universal_archs seria "x86_64 i386" nesse caso. Compare e edite seu /opt/local/etc/macports.conf para combinar com o exemplo que é fornecido no mesmo diretório.
Em seguida, verifique se todas as portas estão instaladas para a arquitetura x86_64 seguindo as instruções de migração .