Você provavelmente precisará executar uma verificação do sistema de arquivos (man fsck ou man fsck.ext2) nesse sistema de arquivos específico.
Eu encorajaria fazer algumas pesquisas de homem primeiro, pois nunca é demais verificar os comandos para sua distribuição / configuração particular.
Se estiver no sistema de arquivos raiz, isso pode causar outros problemas e dúvidas. Quanto ao que causa isso ... algumas coisas, como desligar a máquina sem o devido desligamento, por exemplo.