O que eu faria:
- Certifique-se de não ter nenhum usuário logado ao fazer a cópia, para que os diretórios criptografados não sejam montados.
- Copie todo o
/home/
, pois há um/home/.ecryptfs
que, na minha opinião, contém todos os dados criptografados. - Como root, execute
rsync -av /home/ /other/disk/home/
para preservar todos os atributos de arquivo.