Você está usando um diretório pessoal criptografado? Você pode tentar cd para algum outro diretório (por exemplo, /) antes de executar sudo apt-get ...
Meu palpite é que algum script de pacote tente fazer cd explicitamente no diretório a partir do qual você executou o programa e não é permitido. Esse pode ser o caso quando o diretório está em um volume de fusível (ou seja, um diretório inicial criptografado), pois os processos de fusível podem negar o acesso até mesmo ao usuário root.
Também pode não estar relacionado ao fusível e à criptografia quando alguma variável de ambiente ($ CWD) não é preservada corretamente pela chamada sudo ... ou similar.
De qualquer forma, tente cd /
antes de executar o apt-get e vamos ver o que acontece.