Suponho que com um projeto tão grande você estará dividindo o documento em vários arquivos para manter coisas manejáveis? Como eu faria isso é ter vários documentos em nível de raiz, para as várias saídas necessárias, consistindo em não muito mais do que o seguinte:
\documentclass[options]{book}
\include{commonpreamble}
\begin{document}
\tableofcontents
\include{chapIntroduction}
\include{chapBasics}
\include{chapAdvancedStuff}
\end{document}
Os pdfs para download podem incluir um documento raiz semelhante que inclui apenas um único arquivo de capítulo, com diferentes \documentclass{}
e opções, conforme apropriado.
Quanto a tornar isso html, eu vejo coisas como estas . Eu não fiz isso sozinho, mas parece capaz.