Eu tive o mesmo tipo de problemas. Acabei de sair o arquivo de armazenamento dos cookies foi "corrompido". Eu removi e reiniciei o Firefox e ele poderia salvar os cookies novamente.
O arquivo é chamado cookies.sqllite. Você o encontrará no Vista e no Windows 7 no seguinte local:
C:\Users\<username>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\<profile folder>\
No Windows 2000 e XP, ele está localizado em:
C:\Documents and Settings\<username>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<profile folder>\
Eu também removi o outro arquivo cookies.sqlite-journal.