Acabou de usar o jwplayer, basicamente você faz referência a um swf e passa qualquer arquivo de mídia e o reproduzirá.
<script src="swfobject.js"></script>
<script type="text/javascript">
var s1 = new SWFObject("mediaplayer.swf","single","1280","544","7");
s1.addParam("allowfullscreen","true");
s1.addVariable("file","file.mp4");
s1.addVariable("stretching","exactfit");
s1.addVariable("smoothing","false");
s1.addVariable("wmode", "direct");
s1.write("player1");
</script>