Teracopy é o que eu uso, funciona como um encanto.
No Explorer, se eu selecionar um grande número de arquivos / pastas e clicar em "excluir", ele será excluído até encontrar um arquivo em uso. Ele traz um diálogo 'error' e para de deletar completamente - forçando você a encontrar / fechar o programa que possui o arquivo ou selecionar tudo mas naquele arquivo e tentar novamente, esperando que algum outro arquivo tenha ganhado 't também esteja em uso.
Existe uma maneira de ignorar arquivos em uso (deixá-los lá) e continuar tentando excluir todo o resto?