Eu tive exatamente o mesmo problema. Depois de clonar meu disco rígido antigo para um novo disco usando o Clonezilla, o computador inicializou e funcionou bem, mas o hibernate não funcionou. A tela estava ficando preta, mas nunca hibernava - mover o mouse traria de volta para a área de trabalho.
A primeira coisa que notei foi que os sistemas operacionais padrão estavam em branco no menu suspenso aqui:
Iniciar > clique com o botão direito em Computador > Propriedades > Configurações avançadas do sistema > Configurações de inicialização e recuperação > Inicialização do Sistema
Isso apontou para um problema com a partição de inicialização.
Para corrigir isso, usei o Gerenciamento de disco (clique em Iniciar > clique em Computador > Gerenciar > Gerenciamento de disco) para definir a unidade C (a segunda partição após o pequeno 100Mb ou mais) como Ativo.
Reiniciei imediatamente e usei o Windows 7 DVD para inicializar. Clique em Reparar e use o assistente Reparo de Inicialização para localizar e corrigir o problema.
Desta vez, quando reiniciei, o BOOTMGR sumiu.
Eu iniciei uma segunda vez usando o DVD do Windows 7, usei novamente o Assistente de Reparo de Inicialização.
Na próxima inicialização, o Windows foi iniciado normalmente e agora o Hibernate funciona.
Eu só posso pensar que a operação clone corrompeu a partição de boot de alguma forma - não o suficiente para parar a inicialização do Windows. Parece que o Reparo de Inicialização precisa ser executado duas vezes para reparar totalmente a partição e o carregador de inicialização depois de configurar a unidade C como uma partição Ativa.
Espero que isso ajude alguém, já que me levou o dia todo para resolver isso:)