A resposta curta é Não, um deve estar bem. :)
A maioria das placas-mães que suportam configurações de canais duplos e triplos não requerem isso; você simplesmente não obtém o desempenho do recurso se não estiver usando a configuração correta (ou seja, três correspondentes nos slots da direita).
Então, eu vasculhei o manual do Supermicro C7X58 para garantir que o padrão está em uso e parece que é (P. 2-10 - "Recomendação da População"):
"Desempenho: Instale um DIMM no slot DIMM1A (o primeiro slot do Bank1) , OU um DIMM cada no slot DIMM1A e DIMM2A (os dois primeiros slots do Bank1)."
Seu problema parece estar na sua memória RAM - você diz "o chip RAM é ECC / Registrado", mas o especificações para o estado da placa-mãe que você precisa RAM sem buffer ('buffered' = 'regsitered'):
"1600/1333/1066 / 800MHz SDRAM DDR3 ECC / não-ECC sem buffer DIMMs banhados a ouro de 240 bits e 72 pinos"
Você deve verificar a lista de memórias suportadas para essa placa (é um link da página de especificações acima) para garantir que você está recebendo / usando RAM compatível.
HTH.