Baixei seu pdf e posso confirmar que o Okular não tem problemas para abri-lo. No entanto, há um recurso interessante no Okular que permite recarregar um documento sempre que o arquivo no disco é alterado.
Você pode reproduzir isso abrindo uma janela de terminal e emitindo
touch filename.pdf
enquanto o mesmo arquivo está aberto no Okular. Ou até mesmo
while [ true ]; do touch filename.pdf; sleep 3; done
isso fará com que o Okular recarregue o documento repetidamente.
Não sei ao certo o que estava "tocando" o arquivo no seu caso - você tem esse arquivo sincronizado com o Ubuntu One ou o Dropbox? Talvez algum programa de backup?
No entanto, o poder do KDE está na quantidade de botões que os programas têm :) Se ele incomodar você novamente, vá para Configurações - Configurar o Okular - Geral e desmarque "Recarregar documento na alteração do arquivo"
Você está curioso, você pode instalar o pacote inotify-tools que contém ferramentas de linha de comando para monitorar mensagens de modificação de arquivos do módulo de inotificação do kernel. Você pode monitorar as notificações de alteração de arquivo com
inotifywait -m filename.pdf