Muitos fornecedores de baterias recomendam um ciclo inicial de carregamento completo da bateria e, em seguida, a redução para 5%, ou até mesmo 2-3%, antes da recarga. Isso é bom para a bateria. Mas levá-lo a zero a qualquer momento pode encurtar a vida útil da bateria. Se o fornecedor está recomendando uma descarga completa, eles estão tentando vender mais baterias encurtando o tempo até que você precise de uma substituição.
Na maioria das distros do Linux, o gerenciamento de energia nas definições de configuração tem configurações "avançadas" para definir o nível crítico no qual o laptop se protegerá desligando. Isso muitas vezes não pode ser definido abaixo de 5% como uma precaução de segurança.
Então esse é um lugar onde é simples fazer isso. Pelo menos para o ciclo inicial, configure-o para permitir que a bateria desça o máximo possível. Mas é ruim que a bateria fique abaixo de alguns por cento, portanto, não tente "caçar no sistema" e fazer com que a bateria descarregue totalmente.
BTW, normalmente você também pode definir a ação para quando a bateria estiver no nível crítico. Geralmente, há opções para desligar ou suspender. Tenho problemas com a suspensão no nível crítico, em que os laptops são suspensos e depois retomados por conta própria. Mesmo que não seja retomado, a suspensão ainda usa algumas correntes, a menos que seja uma verdadeira hibernação. Então, se você não recarregar dentro de um tempo razoável de suspensão no nível crítico, você pode acabar com uma bateria totalmente descarregada. A configuração segura é desativá-lo.