Eu não sei muito bem o rsync , mas se por "instantâneos" você quer dizer instantâneos do Btrfs (tirados com btrfs subvolume snapshot … ), então arquivos idênticos em dois instantâneos não são hardlinkados.
Eles possivelmente compartilham espaço no dispositivo (físico) por causa do comportamento de cópia na gravação do Btrfs; seus números de inode são os mesmos, mas existem logicamente em dispositivos diferentes. Neste contexto, cada subvolume do Btrfs deve ser tratado como um sistema de arquivos separado.
Se puder, verifique os arquivos pertencentes a diferentes instantâneos com stat . Você verá que eles informam diferentes identificadores de dispositivo. Números de inodes idênticos em diferentes dispositivos não significam nada.
Por esse motivo, rsync não tem nenhuma pista simples de que os arquivos "devem" estar com hardlink. Eles não são hardlinked em seu "diretório de instantâneos completos" em primeiro lugar.
Acredito que btrfs send e btrfs receive são ferramentas para replicar a hierarquia de instantâneos em outro computador (com o sistema de arquivos Btrfs). Eu nunca usei eles, então eu não posso te guiar. Estude man btrfs-send e man btrfs-receive .