Encontrou uma solução. Executar o comando com "-x sh -c" em oposição a "-e" executa a função sem sair da janela. Sintaxe emprestada de this discussão sobre superusuário .
A função completa:
gnome-terminal -x sh -c 'ffmpeg -f x11grab -s 1366x768 -i :0.0 -r 25 -vcodec libx264 'date +%Y-%m-%d_%H-%M-%S'_BTEVCpcampFormBook.mkv; exec bash'