Qual versão do Windows 10 você está executando? Depois que a Atualização de Aniversário (OS build 14393, versão 1607) foi lançada em agosto, o aplicativo Windows Defender foi atualizado para que o ícone apareça automaticamente na Área de Notificação. Antes disso, ele não apareceria a menos que você tivesse aberto a janela do aplicativo Windows Defender ou implementasse uma modificação no registro.
O resultado é que você ainda deve estar protegido, mas por padrão o ícone do Windows Defender não aparecerá constantemente a menos que sua máquina com Windows 10 tenha pelo menos a atualização de aniversário instalada.