Provavelmente, a maneira mais simples de fazer isso que não é realmente intrusiva é passar pela área de trabalho remota e segura (pressione Ctrl + Alt + End , depois Esc para voltar a sair - o que acredito que deve ser possível automatizar com o AHK - apesar de você precisar do foco do teclado em uma janela RemoteApp para funcionar) .
Isso forçará o servidor do RemoteApp a enumerar novamente as janelas, durante as quais ele selecionará o título da janela atualizada.
Um método alternativo que mencionarei por completo - é provavelmente mais problemas do que vale a pena - é reiniciar rdpshell.exe
dentro da sessão remota.