Não, você não poderá controlar o ventilador por meio do gerenciador de dispositivos. Os ventiladores de computador não têm drivers da mesma maneira que um mouse ou um teclado.
Alguns fãs fornecem suporte para alterar a velocidade ou desativar o ventilador. Se o seu computador suportar isso, você deve ser capaz de desligar os fãs com um utilitário como speedfan.
Dito isto, eu strongmente aconselho que você nunca faça isso. Sério, você vai queimar sua CPU em pouco tempo. Não importa quão frio esteja na sala, se não for projetado para resfriamento passivo, irá superaquecer em curto prazo sem fluxo de ar. Você seria muito melhor gastar os 15 minutos que levaria para limpar ou substituir o ventilador. Ou se você realmente não pode ser incomodado, pelo menos, vá comprar uma lata de espanador de ar e explodir os ventiladores e dissipadores de calor. Você nem precisa abrir o caso.