Resposta rápida : Para resolver o seu problema, não ligue novamente o HD externo ao C1 até que o computador seja totalmente reinicializado.
Resposta longa : Desde o Windows 8.1, por padrão, a maioria dos desligamentos são na verdade hibernados. Isso significa que componentes como o sistema de arquivos ainda são carregados na memória no mesmo estado em que estavam quando você desligou o PC. No entanto, enquanto C1 estava desligado, você alterou o estado do HDD externo quando copiou arquivos para ele do C2. Quando você reinicia C1, o Windows verifica se o HDD está presente, o encontra (desde que você o conectou novamente em C1 antes de ligar o sistema), e então o Windows assume que nada foi alterado e reutiliza a mesma memória que salvou durante o hibernar para "restaurar" o estado do HDD. Assim que você tentar gravar um arquivo no HDD em C1, você corromperá os dados salvos no HDD.
A maneira de evitar esse cenário é remontar o HDD antes de tentar escrever nele. O Windows pode fazer isso automaticamente durante a reinicialização, mas remontar o HDD seria uma operação bastante cara. Como você faz deseja acionar uma montagem, você pode fazer o seguinte:
- conecte o HDD depois que C1 inicializar completamente
- faça com que o Windows "remova hardware com segurança" antes de desligar o C1
- conecte o HDD a uma porta USB diferente de quando você desligou o C1