O WinSCP não usa o arquivo known_hosts . Como o PuTTY, ele armazena chaves de host conhecidas no registro do Windows (ou, opcionalmente, um arquivo INI)
[HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Martin Prikryl\WinSCP 2\SshHostKeys]
O formato das chaves é diferente do formato known_hosts .
Se você tiver a chave do host em cache em outra máquina, poderá copiá-la para a nova máquina.
Você também pode importar as chaves do host do arquivo known_hosts .
Outra maneira é fazer com que o WinSCP salve um novo site com uma impressão digital conhecida da chave do host, como:
winscp.exe sftp://username;[email protected]/;save
Veja o link