@netom,
O que você fez até agora (formatação, particionamento, cópia) está OK.
O que você precisa:
Windows MBR (registro mestre de inicialização) e Windows PBR (registro de inicialização de partição).
Sequência de inicialização do Windows:
O BIOS carrega o MBR, o MBR carrega o PBR ativo, o PBR carrega o gerenciador de inicialização do Windows ativo (file \ bootmgr) e assim por diante.
Distribuições Os BCDs (para UEFI e BIOS) já possuem entradas de inicialização padrão que são "universais" (por exemplo, esperam que todos os executáveis de inicialização necessários estejam em "dispositivo de inicialização" em pastas / diretórios padrão).
Você precisa de uma ferramenta do Linux para escrever os setores de inicialização do Windows 7/8/10.
veja também Corrija a inicialização do Windows - último parágrafo - Reparo manual de inicialização do Windows.