Como o encoder é somente de encadeamento único, para tornar a codificação mais eficiente em um sistema com vários núcleos, tudo o que você pode fazer é iniciar vários processos em paralelo.
Por exemplo, se você estiver em um shell:
ffmpeg -i input1.mp4 -c:a libmp3lame output1.mp3 &
ffmpeg -i input2.mp4 -c:a libmp3lame output2.mp3 &
…
O &
coloca o comando em segundo plano . Os comandos serão executados em paralelo e a carga deverá ser distribuída entre os núcleos da sua CPU.