No Linux, a localização das coisas que você instala é determinada pelo pacote. Tudo o que você instala provavelmente acabará em /usr . No momento da instalação do Linux, você pode definir /usr como uma partição em seu HDD, mas isso é uma má idéia porque tudo irá para ele, incluindo muitos programas e bibliotecas que você prefere manter no SSD (seu gerenciador de desktop, por exemplo ).
No entanto, os links são o modo de vida no Linux e você pode, após a instalação, mover arquivos ou subdiretórios específicos de /usr para um diretório em seu HDD e substituí-los por um link flexível na estrutura de arquivos original. Você pode querer verificar o que acontece quando esses arquivos recebem uma atualização.
Mas talvez você esteja preocupado com um não problema. No meu Ubuntu 16.04 com toda a área de trabalho do KDE e seus auxiliares, além de alguns aplicativos como o Libre Office, /usr ainda está abaixo de 6 GB. Note também que alguns aplicativos grandes instalam em /opt (GoogleEarth, por exemplo), e alguns apenas instalam onde você os descompactam (o IDE do Eclipse), então você pode manter apenas /opt em seu HDD. Mas mesmo assim, com duas versões do Eclipse, o Google Earth, uma pilha de servidores web completa e poucas coisas, meu /opt é de apenas 4GB.
TL; DR: Linux não é Windows, o software compartilha muito código e é menos inchado. E as sucessivas atualizações não consomem seu espaço em disco.