Acho que o problema vem do nautilus ou do ubuntu-desktop. Eu também tenho esse problema às vezes (algo como 1 vez por semana) e resolvo pressionando Super + S (mostra todos os espaços de trabalho).
Você pode tentar reinstalar o nautilus e o ubuntu-desktop (preste atenção ao fato de o Ubuntu reinstalar todos os pacotes removidos ao reinstalar esses pacotes) ou apenas mantendo o Ubuntu atualizado (acho que esse bug afeta vários usuários e deve ser corrigido em breve)