É sempre melhor para executar as coisas como um usuário não-root com exatamente o mesmo acesso e permissões que precisar, e nada mais.
Se é "seguro" rodar algo como o root depende do que ele faz ( echo "" > / dev / null parece relativamente inofensivo :)), mas é sempre menos seguro do que executá-lo como um usuário não-root, porque você nunca sabe que eventualidade você pode estar ignorando onde algo pode afetar algo que não deveria estar afetando.
Aqui está algo que aconteceu comigo uma vez, apenas como um exemplo: e se você acidentalmente escrever um comando bash perigoso no arquivo de script por um copypaste falhar onde você copiou parte do seu histórico bash para o script (que por exemplo contém alguns Comando rm -rf em um caminho relativo, em vez das linhas da postagem do superusuário com o código de exemplo). Fiquei feliz por ter executado o cronjob sob o usuário correto :) Agora, tudo o que aconteceu foi que a configuração do git desse usuário foi perdida ...