A maneira que eu faço é com um cronjob. Se ele é executado apenas uma vez por dia, você não deve ter problemas com duas instâncias tentando executar, mas você sempre pode usar o flock para evitar isso apenas no caso:
0 23 * * * flock -n /some/lockfile rclone sync localdir remote:dir
O Cron funciona sempre que a máquina está ligada, o usuário não precisa estar logado. Você pode, no entanto, querer saber / ver um log dessa tarefa em execução. Você pode obter a saída do cron de:
grep CRON /var/log/syslog
mas uma maneira mais fácil / mais consistente seria registrar toda a atividade em um arquivo assim:
0 23 * * * flock -n /some/lockfile rclone sync localdir remote:dir >> /var/log/myjob.log 2>&1
que registrará stderr e stdout no caso de você querer verificar o trabalho.