Alterar o tipo de unidade do BIOS de IDE para AHCI e vice-versa resultará na impossibilidade de inicializar janelas. Esta ação requer uma reinstalação do Windows. AHCI é o tipo de interface recomendado.
Sem saber qual versão do Windows você estava executando, a interface entre a unidade externa e seu computador (você disse SATA, você quis dizer e-SATA ou estava em um adaptador USB?) e se um sistema operacional também foi instalado para o disco externo, só posso especular com o seu problema. Parece provável que sua BIOS tenha sido configurada para inicializar a partir de mídia externa, que tentou carregar um sistema operacional que não estava configurado para rodar no hardware que este novo (seu computador) dispositivo tinha. Versões anteriores do Windows gostam de adicionar unidades ao Registro mestre de inicialização e reagem mal quando uma é removida, muitas vezes se recusando a inicializar sem que elas sejam apresentadas no caso de computadores com unidades externas e múltiplas.
Como não há uma pergunta, vou supor que você gostaria de ajuda para fazer o computador funcionar novamente. Se não houver dados que você precise recuperar, recomendo restaurar o BIOS para o padrão, depois selecionar AHCI como a interface SATA e, em seguida, instalar uma nova cópia do Windows (com todas as mídias desnecessárias, como armazenamento USB e unidades externas removidas). Depois de concluído, desative a inicialização de mídia removível no BIOS.
Se você acredita que precisa consertar a cópia corrompida do Windows, defina o BIOS novamente da mesma forma como estava antes de modificá-lo e execute o disco de reparo do Windows ou selecione "reparar meu computador" durante a instalação do Windows.
Se você não conseguir reparar, pois o MBR ficou muito corrompido, é possível usar ferramentas de recuperação de dados, como o Recuva, em outra máquina para extrair os dados do disco rígido desejado e executar uma nova instalação do Windows, conforme descrito acima.