Você precisa adicionar shortest=1 à sua primeira sobreposição porque [1:v] tem uma duração infinita devido ao uso de -loop 1 :
ffmpeg -y -i vid.mp4 -loop 1 -i img_%d.png -loop 1 -i img1_%d.png -filter_complex \
"[0:v][1:v]overlay=shortest=1[tmp]; \
[tmp][2:v]overlay=50:50:shortest=1:enable='between(t,1,5)',format=yuv420p" \
-codec:a copy out.mp4
-
Eu removi
0:0da sua primeira sobreposição porque esses são os valores padrão paraxeyplacement. -
Eu removi
-strict -2porque não vejo uso de codificadores experimentais aqui. -
Eu adicionei
format=yuv420pno final do seu filtro de filtro para garantir que a saída H.264 usa a subamostragem de croma YUV 4: 2: 0 para que ele seja reproduzido no QuickTime, WMP e outros players danificados.