Você precisa de duas alterações no seu comando para que ele funcione:
- use o comando
push
do mutt para executar as funções - use
<enter>
em vez de\n
para acionar a chave de entrada no final do comando
Assim, este é o comando necessário:
mutt -e "push '<limit>all<enter>'"
Referência útil: Lista de funções do Mutt para macros.