Esta parece ser uma operação de texto bastante padrão para várias ferramentas do Linux (não importa a incorreção técnica), sendo o GNU sed uma delas. Até o Bash / Ubuntu aparecer no Windows 10, você pode usar algo como git bash que testei para trabalhar com o comando abaixo.
sed -i '4,$d' *
Excluir todas as linhas a partir da quarta linha em todos os arquivos do diretório em que você está.