Consegui encontrar uma solução. Acontece que, se você conectar um HDD USB 3.0 muito devagar, ele será reconhecido como um HDD USB 2.0. Isso acontece porque, em um plugue USB 3.0, os pinos do conector USB 3.0 estão na segunda linha. Portanto, se você conectar o HD do USB 3.0 lentamente, ele dará ao PC tempo suficiente para concluir o handshake do protocolo e seu HDD USB 3.0 será reconhecido como um HDD USB 2.0 antes de ser totalmente conectado. É por isso que você não obtém USB 3,0 velocidades. Portanto, se você tiver um problema semelhante, tente conectar seu HDD mais rapidamente e ver se isso ajuda.
Post original da solução: superuser.com/a/886634/552013