Às vezes, você quer uma versão diferente da disponível no gerenciador de pacotes.
Do ponto de vista da segurança, você pode não confiar em um gerenciador de pacotes e, assim, fazer o download do tarball, revisar o código-fonte e instalá-lo assim que tiver certeza de que ele não está comprometido.
Ou você pode querer editar a fonte para fazer o aplicativo se comportar de maneira diferente, por exemplo, para resolver um erro.