Eu apenas me perguntei sobre isso e encontrei seu post sem resposta, então tive que olhar um pouco mais. Suponho que você já tenha resolvido o problema, mas talvez minha resposta ajude outras pessoas no futuro.
Eu corro o Emacs 24.5.1 e o AUCTex 11.88.
A personalização de dobra do AUCTex pode ser encontrada em Opções (menu) - > Personalizar o Emacs (menu) - > Procurar grupos de personalização (menu) Então, no buffer que aparece, siga as seguintes ramificações do Grupo Emacs: Texto - > Tex - > AUCTex - > Tex Fold e clique em Option, onde ele lista Tex Fold Macro Spec List.
Lá você encontrará uma lista dos wrappers que se dobram em [c], provavelmente contendo apenas "cite". Adicione as estruturas de citações natbib, também adicionei as de Harvard.