Como as pastas são únicas e não seqüenciais, presumo que você saiba com antecedência quais são elas.
Você pode usar xcopy para isso ou robocopy
Isto é com xcopy
xcopy "c:\myfile.txt" "c:\parent\subfolder1\" /z /i
xcopy "c:\myfile.txt" "c:\parent\subfolder2\" /z /i
xcopy "c:\myfile.txt" "c:\parent\subfolder3\" /z /i
xcopy "c:\myfile.txt" "c:\parent\subfolder4\" /z /i
xcopy "c:\myfile.txt" "c:\parent\subfolder5\" /z /i
xcopy "c:\myfile2.txt" "c:\parent\subfolder1\" /z /i
xcopy "c:\myfile2.txt" "c:\parent\subfolder2\" /z /i
xcopy "c:\myfile2.txt" "c:\parent\subfolder3\" /z /i
xcopy "c:\myfile2.txt" "c:\parent\subfolder4\" /z /i
xcopy "c:\myfile2.txt" "c:\parent\subfolder5\" /z /i
Salve o código no bloco de notas e salve como. Nomeie-o como Copy.bat (observe o .bat), execute-o. Tudo feito.