Provavelmente está dizendo qsub para executar o comando no diretório de trabalho atual.
pwd é o comando shell "print working directory", que apenas relata qual é o seu diretório de trabalho atual. Colocar esse comando em 'backticks' diz ao shell para executar esse comando em um sub-shell e inserir sua saída na linha de comando naquele local. Portanto, se você estava atualmente em /home/jerry quando digitou a linha de comando qsub , a linha de comando se tornaria qsub --cwd /home/jerry .
Em algumas versões de qsub , há uma opção -cwd que não aceita argumentos e sempre informa qsub para executar o comando no diretório de trabalho atual. Parece que sua versão de qsub tem uma opção --cwd que pode receber um argumento e talvez use esse argumento como o caminho para " cd into" (isto é, configurar como seu diretório de trabalho) antes de executar o comando. Ou talvez o qsub do seu sistema realmente não funcione dessa maneira, mas quem quer que tenha lhe dado esse comando erroneamente achou que funcionava dessa maneira.