Como você já tentou software com a opção "remapear", pode ser que os blocos ruins já tenham sido remapeados. Eles ainda são exibidos , para que você fique ciente do problema.
Então, a única preocupação que você deve ter é: a contagem de blocos ruins aumenta ?
Se a contagem começar a aumentar - ou você vir falhas de IO - talvez você tenha uma falha iminente no disco para lidar com isso (ou seja, copiar os dados para um novo disco, descarte este).