Este não é um problema de ffmpeg, é o seu console do Windows que não está configurado para usar Unicode. para alterar a página de código para o tipo Unicode no prompt de comando:
chcp 65001
e altere a fonte do console para um Unicode (por exemplo, o Lucida Console, mas ele não contém um conjunto completo de caracteres Unicode, você precisa encontrar um que tenha os caracteres do idioma específico).