O comando make modules apenas compilará os módulos, deixando os binários compilados no diretório de construção. make modules_install irá certificar-se de que existem binários compilados (e compilar os módulos, se não) e instalar os binários no diretório modules do seu kernel.
Se você tem certeza de que todos os módulos compilam sem problemas, você pode usar make modules_install diretamente.